با توجه به بند دوم مصوبه پیوستی که اجرای طرح را منوط به رعایت ضوابط زیست‌محیطی می‌داند، اما در عمل تجربه اجرای فاز اول و سایر پروژه‌های مشابه در ماهشهر نشان داده که آلودگی‌های گسترده هوا، خاک و آب (به‌ویژه در محدوده خلیج فارس و تالاب‌های اطراف) کنترل نشده‌اند.

بنابراین، تصویب فاز دوم بدون ارائه‌ی ارزیابی دقیق و مستقل زیست‌محیطی پیش از شروع پروژه، از نظر علمی و قانونی محل اشکال است.

همچنین گسترش فاز دوم منطقه ویژه اقتصادی در همان محدوده ماهشهر باعث تشدید تمرکز صنایع آلاینده در جنوب خوزستان می‌شود.

در مجموع، ادامه این طرح بدون توجه به ملاحظات زیست‌محیطی و توسعه پایدار می‌تواند آسیب‌های جدی و بلندمدتی برای منطقه در پی داشته باشد.